ПЦР тест на Covid-19, мазок. Определение РНК коронавируса

Определение РНК SARS-CoV-2 в мазке из ротоносоглотки методом ПЦР — молекулярно-биологическое исследование, выявляющее генетический материал коронавируса SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2) в соскобе эпителиальных клеток слизистой оболочки носоглотки и ротоглотки. SARS-CoV-2 — РНК-содержащий вирус семейства Coronaviridae, возбудитель коронавирусной инфекции COVID-19. В отличие от четырёх сезонных коронавирусов (OC43, 229E, NL63, HKU1), круглогодично присутствующих в структуре ОРВИ и вызывающих преимущественно лёгкие инфекции верхних дыхательных путей, SARS-CoV-2 способен вызывать тяжёлое поражение нижних дыхательных путей, полиорганную патологию и жизнеугрожающие состояния. К тому же семейству коронавирусов относятся вирусы SARS-CoV и MERS-CoV, вызывающие тяжёлый острый респираторный синдром и ближневосточный респираторный синдром соответственно. Результат: «обнаружено» или «не обнаружено».

SARS-CoV-2 передаётся преимущественно воздушно-капельным и аэрозольным путями (при кашле, чихании, разговоре), а также контактным путём через загрязнённые поверхности и предметы обихода. Инкубационный период составляет от 2 до 14 дней (в среднем 5–7 дней); заражённый человек может быть контагиозен за 1–2 дня до появления симптомов. После экспозиции может пройти до 5 дней, прежде чем нуклеиновые кислоты или антигены вируса станут обнаруживаемыми. У большинства людей (до 80%) инфекция протекает бессимптомно или в лёгкой форме; среднетяжёлое течение отмечается у 10–15% инфицированных, а крайне тяжёлое — у 2–5%. Эти данные получены в ранние периоды пандемии; в настоящее время при наличии поствакцинального или постинфекционного иммунитета и преобладании менее вирулентных вариантов доля тяжёлых форм существенно ниже. Основными симптомами являются лихорадка, кашель (сухой или с небольшим количеством мокроты), одышка, ощущение заложенности в грудной клетке, боль в горле, потеря обоняния и вкуса, миалгии, утомляемость и головная боль. На раннем этапе заболевания возможны желудочно-кишечные проявления — диарея, тошнота, рвота. Тяжёлая форма протекает как пневмония с острой дыхательной недостаточностью, острый респираторный дистресс-синдром (ОРДС), сепсис и полиорганная недостаточность.

С момента появления в 2019 году вирус претерпел значительную эволюцию с появлением множества вариантов и подвариантов (Alpha, Delta, Omicron и его сублинии). Современные варианты, как правило, вызывают менее тяжёлое течение по сравнению с ранними штаммами, особенно у вакцинированных и ранее переболевших лиц, однако вирус продолжает циркулировать, и новые волны заболеваемости наблюдаются регулярно. Часть пациентов после перенесённой инфекции испытывает длительные симптомы (постковидный синдром, или long COVID). Группы повышенного риска тяжёлого течения включают пожилых людей, лиц с хроническими заболеваниями (сердечно-сосудистые, лёгочные, метаболические, в том числе сахарный диабет и ожирение), пациентов с ослабленным иммунитетом и невакцинированных лиц.

ПЦР тест является наиболее чувствительным методом выявления текущей инфекции SARS-CoV-2. По чувствительности ПЦР значительно превосходит антигенные экспресс-тесты, которые могут давать ложноотрицательные результаты, особенно на ранних сроках инфекции и при низкой вирусной нагрузке. Антигенные тесты обладают высокой специфичностью и быстротой получения результата, что делает их полезным инструментом скрининга; однако при отрицательном результате антигенного теста на фоне высокого клинического подозрения рекомендуется подтверждение методом ПЦР. Серологические тесты (антитела) не предназначены для диагностики текущей инфекции.

Клиническое значение

Определение РНК SARS-CoV-2 методом ПЦР применяется для подтверждения или исключения текущей коронавирусной инфекции и остаётся основным лабораторным инструментом специфической диагностики COVID-19.

Основная область применения — диагностика COVID-19 у пациентов с симптомами острой респираторной инфекции. Клинические проявления COVID-19 неспецифичны и наблюдаются при множестве респираторных инфекций, включая грипп, РСВ, парагрипп и другие ОРВИ. Лабораторное подтверждение COVID-19 влияет на тактику ведения: при подтверждённой инфекции у пациентов групп риска могут быть назначены противовирусные препараты (нирматрелвир/ритонавир, ремдесивир, молнупиравир), эффективность которых максимальна при раннем начале лечения — в первые 5 дней от появления симптомов. ПЦР также используется для подтверждения COVID-19 при отрицательном или сомнительном результате антигенного экспресс-теста, когда клиническое подозрение остаётся высоким.

Помимо индивидуальной диагностики, ПЦР применяется для инфекционного контроля в медицинских учреждениях: подтверждение COVID-19 у госпитализированного пациента определяет необходимость изоляции, применения средств индивидуальной защиты и наблюдения за контактными. Исследование востребовано при обследовании перед госпитализацией, хирургическими вмешательствами и иммуносупрессивной терапией, а также при обследовании контактных лиц в очагах инфекции. У пациентов с ослабленным иммунитетом (реципиенты трансплантатов, пациенты на химиотерапии, с гематологическими заболеваниями) COVID-19 может протекать с длительным выделением вируса, и ПЦР используется для мониторинга вирусовыделения и обоснования продолжительности изоляции.

Таким образом, ПЦР на SARS-CoV-2 наиболее информативна при симптомах острой респираторной инфекции для подтверждения или исключения COVID-19 и обоснования противовирусной терапии, при отрицательном или сомнительном результате антигенного теста, для инфекционного контроля в стационаре, при обследовании перед госпитализацией и инвазивными процедурами и у пациентов с иммунодефицитом. Для массового скрининга бессимптомных лиц в условиях низкой распространённости заболевания антигенные экспресс-тесты могут быть более практичным инструментом.

Ограничения

Отрицательный результат не исключает COVID-19. Ложноотрицательные результаты возможны при обследовании в первые дни после контакта (до начала репликации вируса в верхних дыхательных путях), при неадекватном заборе материала и на поздних сроках заболевания, когда выделение вируса из верхних дыхательных путей снизилось, но инфекция нижних дыхательных путей продолжается. При сохраняющемся клиническом подозрении на COVID-19 и отрицательном результате рекомендуется повторное тестирование или обследование из биоматериалов нижних дыхательных путей (мокрота, бронхоальвеолярный лаваж). 
Положительный результат подтверждает присутствие РНК SARS-CoV-2, но не всегда свидетельствует об активной инфекции. РНК вируса может обнаруживаться в верхних дыхательных путях в течение нескольких недель после перенесённой инфекции при отсутствии жизнеспособного вируса и контагиозности. Положительный результат ПЦР у ранее переболевшего пациента не обязательно указывает на реинфекцию или текущую заразность; для разграничения персистенции вирусных фрагментов и реинфекции может потребоваться сравнительное секвенирование. 
Исследование определяет наличие или отсутствие РНК SARS-CoV-2, но не измеряет вирусную нагрузку. Тест не предназначен для оценки тяжести заболевания или прогноза. 
Исследование не предназначено для контроля излеченности. Повторная ПЦР после клинического выздоровления для принятия решения о прекращении изоляции, как правило, не рекомендуется у иммунокомпетентных пациентов; решение принимается на основании клинических критериев и сроков от начала заболевания. 
Результат исследования требует интерпретации врачом с учётом клинической картины, эпидемиологического анамнеза, результатов антигенных тестов (при наличии), вакцинального статуса и иммунного статуса пациента.