ПЦР-диагностика ОРВИ: парагрипп 1–4, РСВ, метапневмовирус, риновирус, коронавирусы, аденовирус, бокавирус

ПЦР-диагностика ОРВИ — мультиплексное молекулярно-биологическое исследование, которое одновременно выявляет генетический материал основных возбудителей острых респираторных вирусных инфекций в соскобе эпителиальных клеток ротоглотки и носоглотки. Панель включает 13 показателей: вирусы парагриппа типов 1, 2, 3 и 4, респираторно-синцитиальный вирус (РСВ), метапневмовирус, риновирус, коронавирусы (OC43, 229E, NL-63, HKU1), аденовирус групп B, C, E и бокавирус. Для каждого патогена определяется соответствующий тип нуклеиновой кислоты: РНК для парагриппа, РСВ, метапневмовируса, риновируса и коронавирусов; ДНК для аденовируса и бокавируса. Результат по каждому возбудителю выдаётся отдельно: «обнаружено» или «не обнаружено». Панель не включает вирусы гриппа A и B — для их определения предназначены отдельные исследования. Аналитическая чувствительность — 10³ копий/мл исходного образца. Перекрёстных реакций с вирусами гриппа A и B, коронавирусом SARS-CoV-2 и основными бактериальными возбудителями респираторных инфекций не обнаружено.

Острую респираторную вирусную инфекцию, помимо вируса гриппа, чаще вызывают представители трёх семейств РНК-содержащих вирусов — парамиксовирусы (РСВ, метапневмовирус, вирусы парагриппа 1–4), коронавирусы и пикорнавирусы (риновирусы) — и двух семейств ДНК-содержащих вирусов — аденовирусы (виды B, C, E) и парвовирусы (бокавирус). Ежегодно ОРВИ болеют сотни миллионов людей во всём мире, и клинически различные возбудители в большинстве случаев неотличимы друг от друга: лихорадка, кашель, насморк, боль в горле, общее недомогание характерны практически для всех вирусов. У большинства здоровых взрослых респираторные инфекции протекают нетяжело и разрешаются самостоятельно. Однако у детей раннего возраста, пожилых людей и пациентов с ослабленным иммунитетом те же вирусы могут вызывать тяжёлые и потенциально жизнеугрожающие осложнения.

РСВ — основной возбудитель бронхиолитов и пневмоний у младенцев и детей младшего возраста во всём мире. В группу риска тяжёлого течения РСВ-инфекции входят недоношенные младенцы, дети до двух лет, лица с ослабленной иммунной системой и пожилые люди старше 65 лет. Метапневмовирус занимает второе после РСВ место в этиологии острого бронхиолита у детей первого года жизни; частые осложнения метапневмовирусной инфекции отмечаются со стороны ЛОР-органов. Вирусы парагриппа — основная причина ложного крупа (острого стенозирующего ларинготрахеита) у детей младшего возраста; при этом типы 2 и 4 чаще обнаруживаются у детей первого года жизни, тогда как типы 1 и 3 превалируют в старших возрастных группах. Аденовирусы вызывают острые заболевания с поражением слизистых оболочек верхних дыхательных путей, лимфоидной ткани, глаз и кишечника; описаны случаи бессимптомного носительства аденовирусов в лимфоидной ткани на протяжении месяцев и лет. Риновирус — самый распространённый возбудитель ОРВИ среди взрослого населения и детей всех возрастных групп; инфекция проявляется насморком и кашлем, но у пациентов с бронхиальной астмой может провоцировать тяжёлые обострения. Сезонные коронавирусы (OC43, 229E, NL-63, HKU1 — не SARS-CoV-2) чаще вызывают лёгкие инфекции верхних дыхательных путей, в редких случаях — поражение нижних дыхательных путей; кишечная форма инфекции встречается реже, преимущественно у детей. Бокавирус — относительно недавно описанный возбудитель (2005), чаще выявляемый у младенцев и детей, нередко в сочетании с другими возбудителями ОРВИ; инфекция проявляется лихорадкой, кашлем, насморком, а также диареей. У взрослых при контакте с больными детьми бокавирус может вызывать лёгкие симптомы ОРЗ; в редких случаях обнаруживается при пневмонии на фоне иммунодефицита. Установить, какой именно вирус вызвал инфекцию, по клинической картине невозможно — для этого необходимо лабораторное исследование.

Клиническое значение

Ценность мультиплексной респираторной панели определяется тем, что она одновременно решает несколько клинических задач: устанавливает этиологию инфекции, помогает отличить вирусную природу заболевания от бактериальной и выявляет коинфекции — всё из одного образца и в одном исследовании. Тест используется для дифференцировки вирусных и бактериальных инфекций дыхательных путей при выраженных симптомах заболевания.

Дифференциальная диагностика и обоснование отказа от антибиотиков — практически значимый результат для большинства пациентов. Поскольку клиническая картина ОРВИ неспецифична, врач нередко стоит перед выбором: назначить антибиотик «на всякий случай» или обоснованно воздержаться. Подтверждение вирусной этиологии заболевания даёт основание отказаться от антибактериальной терапии, которая при вирусных инфекциях неэффективна, но несёт риск побочных эффектов и формирования антибиотикорезистентности. Положительный результат респираторной вирусной панели помогает сократить число необоснованных назначений антибиотиков и уменьшить длительность госпитализации.

Идентификация конкретного возбудителя имеет клиническое значение даже при отсутствии специфической противовирусной терапии. Для большинства вирусов панели специфического лечения не разработано, однако знание этиологии позволяет прогнозировать течение заболевания и возможные осложнения, избежать ненужных дополнительных обследований и принять обоснованные решения об инфекционном контроле в стационаре. Для аденовируса у пациентов с иммунодефицитом существует возможность специфической терапии (цидофовир), и его обнаружение в этой группе непосредственно влияет на тактику ведения. Определение РСВ особенно важно в педиатрии: подтверждение РСВ-инфекции у грудного ребёнка обосновывает решения об изоляции, влияет на тактику профилактики у детей из группы риска и помогает врачу прогнозировать течение заболевания. У пожилых людей РСВ также может вызывать тяжёлые инфекции нижних дыхательных путей, требующие госпитализации.

Выявление коинфекций — дополнительное преимущество мультиплексного подхода. Одновременное инфицирование двумя и более вирусами обнаруживается в 5–10% случаев (чаще всего риновирус в сочетании с другим возбудителем) и может быть ассоциировано с более тяжёлым течением у детей и пациентов групп риска. Моноплексные тесты не выявляют коинфекции, тогда как мультиплексная панель фиксирует все положительные результаты одновременно. Идентификация конкретного вируса у госпитализированного пациента позволяет своевременно принять меры изоляции и предотвратить внутрибольничное распространение — особенно актуально для РСВ в детских отделениях и отделениях интенсивной терапии.

Ограничения

Положительный результат не всегда означает, что обнаруженный вирус является причиной текущих симптомов. Риновирус и бокавирус нередко обнаруживаются при бессимптомном носительстве или в периоде затухающей инфекции; аденовирусы могут бессимптомно персистировать в лимфоидной ткани месяцами. Клиническая оценка необходима для определения того, является ли обнаруженный вирус причиной заболевания. 
Панель не включает вирусы гриппа A и B. Если необходимо исключить грипп, следует назначить отдельное исследование или воспользоваться расширенной респираторной панелью, включающей грипп. Панель также не включает SARS-CoV-2 — для диагностики COVID-19 предназначены отдельные тест-системы. 
Исследование качественное — определяет наличие или отсутствие вируса, но не его количество. По результату нельзя судить об интенсивности репликации или тяжести инфекции. 
Отрицательный результат по всем патогенам панели не исключает инфекцию. Возможны инфекции, вызванные возбудителями, не входящими в состав панели (в том числе грипп, SARS-CoV-2, бактериальные и атипичные патогены), а также ложноотрицательные результаты при неадекватном заборе материала или обследовании на поздних сроках, когда выделение вируса уже снизилось. Нарушение правил подготовки к исследованию может повлиять на результат. 
Результат исследования требует интерпретации врачом с учётом клинической картины, эпидемиологического анамнеза, возраста и иммунного статуса пациента.