Генотипирование вируса гепатита C (HCV) в крови, методом ПЦР

Определение генотипа вируса гепатита C (Hepatitis C virus) в крови методом ПЦР — качественное молекулярно-биологическое исследование, которое устанавливает генетический вариант (генотип и подтип) вируса гепатита С, циркулирующего в крови пациента. Тест-система выявляет присутствие РНК вируса гепатита С широкого спектра субтипов (1a, 1b, 2a, 2b, 2c, 2i, 3, 4, 5a, 6), однако идентифицирует конкретный генотип только для вариантов 1a, 1b, 2 и 3а/3b (без разделения на субтипы генотипа 3). Эти генотипы относятся к наиболее часто выявляемым вариантам в России и Европе.

Вирус гепатита С — РНК-содержащий вирус семейства Flaviviridae, передающийся преимущественно через кровь. Острая инфекция в 70–80% случаев протекает бессимптомно; у 75% заражённых развивается хроническая инфекция, которая может десятилетиями протекать без явных симптомов, постепенно приводя к фиброзу, циррозу печени и гепатоцеллюлярной карциноме. Хронический гепатит С при современном уровне терапии стал излечимым заболеванием: препараты прямого противовирусного действия (ПППД, DAA) обеспечивают устойчивый вирусологический ответ более чем у 95% пациентов. Однако вирус гепатита С генетически неоднороден — на сегодняшний день описаны как минимум семь основных генотипов и множество подтипов, различающихся по нуклеотидной последовательности на 30–35%. Эта генетическая вариабельность имеет прямое клиническое значение, поскольку может влиять на выбор схемы терапии и её продолжительность.

Генотип 1 — наиболее распространённый в мире и в России, на его долю приходится до 60–70% случаев. Подтип 1b исторически доминировал в России и Восточной Европе и ассоциирован с парентеральным путём передачи (переливание крови, медицинские манипуляции); подтип 1а более характерен для Северной Америки и Западной Европы. Генотип 2 встречается реже и исторически считался наиболее «благоприятным» для лечения. Генотип 3 — второй по распространённости в России, ассоциирован с более выраженным стеатозом печени и, по ряду данных, с более быстрым прогрессированием фиброза. Генотип 3 остаётся наиболее «сложным» для терапии: хотя современные ПППД эффективны при всех генотипах, при генотипе 3 в сочетании с циррозом и предшествующим опытом лечения может потребоваться модификация схемы или увеличение продолжительности курса.

Генотипирование выполняется методом ПЦР с последующим анализом нуклеотидной последовательности или гибридизацией — как правило, в зоне 5'-нетранслируемого региона или NS5B-гена вирусного генома. Исследование является качественным: результат указывает конкретный генотип и подтип, но не определяет вирусную нагрузку. Аналитическая чувствительность исследования: 200 копий РНК в 1 мл плазмы крови (ориентировочно соответствует 160 МЕ/мл). Биоматериал: плазма крови (ЭДТА).

Клиническое значение

Роль генотипирования в современной клинической практике существенно изменилась с появлением пангенотипных схем ПППД. Если ранее генотип определял выбор препаратов и длительность курса практически для каждого пациента, то сегодня пангенотипные комбинации (глекапревир/пибрентасвир, софосбувир/велпатасвир) эффективны при всех генотипах с высокими показателями излечения. Для впервые выявленных пациентов без цирроза, которым планируется пангенотипный режим, генотипирование перед началом терапии не является строго обязательным. Тем не менее исследование сохраняет клиническую значимость в ряде конкретных ситуаций, и отказ от генотипирования во всех случаях был бы преждевременным.

Генотипирование остаётся рекомендованным при планировании терапии у пациентов с предшествующим неудачным опытом лечения, поскольку выбор схемы повторного курса и его продолжительность могут зависеть от генотипа. У пациентов с компенсированным циррозом генотип также может влиять на выбор конкретной комбинации и длительность терапии: при генотипе 3 в сочетании с циррозом ряд схем требует увеличения продолжительности или добавления третьего компонента. При использовании непангенотипных схем знание генотипа является обязательным условием для назначения терапии.

Генотипирование также информативно с эпидемиологической и прогностической точки зрения. Определение генотипа помогает установить вероятный путь и источник заражения (генотип 1b ассоциирован с парентеральной передачей при медицинских манипуляциях, генотип 3 — с инъекционным употреблением наркотиков). При генотипе 3 описана более выраженная ассоциация со стеатозом печени и, по ряду наблюдений, с более быстрым прогрессированием фиброза — это может влиять на интенсивность наблюдения. При подозрении на реинфекцию после успешного лечения сопоставление генотипа нового эпизода с генотипом предшествующей инфекции помогает разграничить рецидив и реинфекцию, хотя окончательное разграничение требует филогенетического анализа.

В контексте российской клинической практики генотипирование перед началом терапии нередко выполняется, поскольку доступность пангенотипных схем может варьировать, а ряд применяемых режимов являются генотип-специфичными. Для пациента это означает, что результат генотипирования — не абстрактная характеристика вируса, а практическая информация, на которой врач выстраивает конкретный план лечения.

Ограничения

Исследование не предназначено для скрининга вирусного гепатита С. Генотипирование выполняется у пациентов с подтверждённой HCV-инфекцией (положительная РНК HCV) при планировании противовирусной терапии. Для скрининга используются определение антител (anti-HCV) и качественное или количественное определение РНК. 
Генотипирование определяет генотип и подтип вируса, но не вирусную нагрузку. Для оценки уровня виремии необходимо отдельное количественное определение РНК HCV. 
Тест-система выявляет присутствие РНК HCV широкого спектра субтипов (включая 4, 5a, 6), но идентифицирует генотип только для вариантов 1a, 1b, 2 и 3а/3b. Если РНК вируса обнаружена, но генотип не идентифицирован, это может указывать на редкий генотип (4, 5, 6) — в таком случае может потребоваться расширенное генотипирование. Инфекция этими генотипами встречается в России крайне редко, однако возможна у лиц, инфицированных за рубежом (Ближний Восток, Африка, Юго-Восточная Азия). 
Генотип 3 идентифицируется как 3а/3b без разделения на субтипы. Для большинства клинических задач это разграничение не требуется. 
Генотипирование выполняется только при наличии виремии. При неопределяемой РНК HCV (после спонтанного клиренса, успешного лечения) генотипирование неинформативно. 
Смешанная инфекция двумя генотипами встречается редко, но описана — преимущественно у лиц с инъекционным употреблением наркотиков. Стандартные тест-системы для генотипирования могут определить доминирующий генотип, но не всегда выявляют минорный компонент смешанной инфекции. 
Генотип вируса сам по себе не определяет тяжесть заболевания, скорость прогрессирования фиброза или прогноз для конкретного пациента. Эти параметры зависят от множества факторов: длительности инфекции, возраста, пола, коинфекций, употребления алкоголя, метаболических нарушений. 
Результат генотипирования требует интерпретации вместе с данными о вирусной нагрузке, серологическом статусе, стадии фиброза, предшествующем опыте лечения и клиническим контекстом. Выбор схемы терапии на основании генотипа осуществляется врачом-гепатологом или инфекционистом.