ПЦР-диагностика стрептококка (Streptococcus spp.) в крови

Анализ выявляет ДНК микроорганизмов рода Streptococcus в крови методом ПЦР. Результат выдаётся на уровне рода в формате обнаружено / не обнаружено. Биоматериал — венозная кровь, забираемая с соблюдением правил асептики венепункции; несоблюдение стерильности может приводить к попаданию в пробу стрептококков, составляющих нормальную микрофлору кожи, что требует учёта при интерпретации результата. В отличие от исследования стрептококков в нестерильных биоматериалах, где возможны колонизация и контаминация, обнаружение стрептококка в крови у клинически значимого пациента представляет собой бактериемию — клинически важную находку, как правило, связанную с инфекционным очагом в организме и требующую оценки.

Кровь относится к первично стерильным биологическим средам; в норме микроорганизмы в кровотоке отсутствуют. Появление бактерий в крови возникает при транслокации возбудителя из очага инфекции или места колонизации. Стрептококковая бактериемия — клинически весомое событие, в большинстве случаев связанное с установленным или не установленным очагом инфекции и часто сопровождающее тяжёлые клинические состояния: пневмонию, менингит, эндокардит, тяжёлые инфекции мягких тканей, сепсис.

Род Streptococcus — обширная группа грамположительных кокков, клинически значимые представители которой имеют кардинально различающиеся типичные очаги инфекции и клинические ассоциации. S. pneumoniae — ведущий возбудитель бактериальной пневмонии; пневмококковая бактериемия развивается у значительной доли пациентов с пневмококковой пневмонией и служит маркёром тяжести течения; она также характерна для бактериального менингита и первичной бактериемии у пожилых, детей и аспленических пациентов. S. pyogenes — β-гемолитический стрептококк группы A, причина клинически тяжёлых инвазивных инфекций: некротизирующего фасциита, стрептококкового синдрома токсического шока, тяжёлой пневмонии, послеродового сепсиса. S. agalactiae — стрептококк группы B, классический возбудитель раннего и позднего неонатального сепсиса; у взрослых вызывает бактериемию преимущественно у пациентов с сахарным диабетом, циррозом печени, онкологическими заболеваниями, иммуносупрессией. 
Особое клиническое значение среди стрептококков при бактериемии имеет viridans-группа — S. mitis, S. sanguinis, S. oralis и близкие виды, составляющие нормальную микрофлору ротовой полости. Главная клиническая ассоциация viridans-стрептококков при бактериемии — инфекционный эндокардит, прежде всего подострая его форма у пациентов с предшествующим поражением клапанов. Другая значимая клиническая ситуация — бактериемия у пациентов с нейтропенией на фоне химиотерапии, у которых мукозит создаёт условия для транслокации viridans-стрептококков из ротовой полости в кровоток. Отдельная клинически значимая группа — S. gallolyticus (ранее входивший в S. bovis group): бактериемия, вызванная этим возбудителем, имеет устойчивую клиническую ассоциацию с колоректальными опухолями и другой патологией желудочно-кишечного тракта; обнаружение S. gallolyticus в крови служит основанием для последующего обследования толстой кишки. S. anginosus group ассоциирована с формированием абсцессов различных локализаций (лёгкого, печени, брюшной полости, головного мозга); бактериемия этими возбудителями часто отражает наличие глубокого очага инфекции, требующего визуализационного поиска. 
Диагностика бактериемии в клинической практике строится прежде всего на культуральном исследовании крови (гемокультуре), остающемся референсным методом: он даёт живой изолят, позволяет видовую идентификацию, определение чувствительности к антибактериальным препаратам. Существенное ограничение гемокультуры — время получения результата: положительный ответ обычно появляется в течение 24-72 часов, для медленно растущих возбудителей дольше. Молекулярные методы исследования крови дополняют гемокультуру, обеспечивая значительно более быстрый ответ — в пределах часов после получения пробы, и сохраняя аналитическую чувствительность у пациентов, уже получивших антибактериальную терапию до забора.

ПЦР выявляет специфические участки генома стрептококков — в тест-системах с родовым ответом это консервативные последовательности, общие для большинства видов рода. Метод не зависит от жизнеспособности микроорганизма. Родовой уровень ответа определяет характер клинического использования теста: он отвечает на вопрос о присутствии стрептококков в крови, но не идентифицирует конкретный вид — параметр, клинически ключевой для определения типичного источника бактериемии, выбора тактики и прогноза. Видовая идентификация при необходимости выполняется отдельным исследованием.

Клиническое значение

Основной клинический сценарий применения исследования — диагностика бактериемии у пациентов с клиническими признаками системной инфекции: лихорадкой неясного генеза, септическим состоянием, тяжёлой пневмонией, подозрением на эндокардит, тяжёлыми инфекциями мягких тканей, острым менингитом. Быстрое молекулярное подтверждение присутствия стрептококков в крови даёт раннюю этиологическую ориентацию и указывает на необходимость дальнейшего этиологического уточнения — видовой идентификации и поиска первичного очага инфекции.

Отдельный клинически значимый сценарий — обследование пациентов с уже начатой эмпирической антибактериальной терапией, у которых гемокультура с высокой вероятностью даст ложноотрицательный результат. Молекулярный метод сохраняет чувствительность у таких пациентов существенно дольше, что делает ПЦР ценным дополнением к культуральному исследованию в этих обстоятельствах.

Третий клинический сценарий — обследование пациентов из групп особого риска бактериемии: пациентов с нейтропенией на фоне химиотерапии, после трансплантации, с иммуносупрессией, с протезированными клапанами или внутрисердечными устройствами. Раннее выявление бактериемии у этих категорий имеет критическое клиническое значение для своевременного начала адекватной терапии.

Положительный результат у пациента с соответствующей клинической картиной подтверждает стрептококковую бактериемию и служит основанием для нескольких клинически важных действий. Первое — незамедлительное начало или коррекция эмпирической антибактериальной терапии с учётом наиболее вероятных представителей рода. Второе — видовая идентификация возбудителя, выполняемая отдельным исследованием, необходимая для окончательного установления этиологии, оценки типичного источника и коррекции терапии. Третье — поиск первичного очага инфекции по клинически обоснованному алгоритму: при подозрении на эндокардит — эхокардиография, при выявлении S. gallolyticus — обследование толстой кишки, при подозрении на абсцесс — визуализационная диагностика.

Отрицательный результат снижает вероятность стрептококковой бактериемии, но должен интерпретироваться с учётом клинического контекста и времени забора пробы. Бактериемия может быть транзиторной или перемежающейся, особенно при эндокардите, и однократный забор может её не захватить. У пациента с сохраняющейся клинической картиной, подозрительной на стрептококковую инфекцию с возможной бактериемией, отрицательный результат ПЦР крови не исключает диагноз, и обследование дополняется гемокультурой в соответствии со стандартной тактикой.

Ограничения

Метод ПЦР выявляет ДНК возбудителя и не говорит о его жизнеспособности. Тест даёт ответ на уровне рода Streptococcus и не разграничивает отдельные виды — обстоятельство, принципиальное для клинической интерпретации: различные виды стрептококков связаны с кардинально разными клиническими ситуациями и источниками бактериемии, и клинически адекватная тактика требует видовой идентификации, выполняемой отдельным исследованием. При несоблюдении правил асептики венепункции в пробу крови могут попадать стрептококки, составляющие нормальную микрофлору кожи, что может давать положительный результат без истинной бактериемии. Бактериемия может быть транзиторной или перемежающейся, и однократный забор может не выявить возбудителя даже при клинически установленной бактериемии; при подозрении на эндокардит выполняется серийный забор. На чувствительность метода влияет предшествующая антибактериальная терапия, снижающая количество возбудителя в пробе; при этом молекулярный метод сохраняет чувствительность у пациентов на антибактериальной терапии дольше, чем культуральное исследование. ПЦР не определяет чувствительность стрептококков к антибактериальным препаратам и не даёт живого изолята; при необходимости оценки чувствительности выполняется гемокультура. Тест не выявляет других возможных возбудителей бактериемии; при клинической необходимости диагностики более широкого спектра возбудителей выполняется гемокультура или мультиплексные молекулярные панели сепсиса. Результат исследования требует интерпретации врачом — инфекционистом, терапевтом, врачом отделения интенсивной терапии — с учётом клинической картины, результатов гемокультуры, визуализационных исследований и общей клинической ситуации.