ПЦР-диагностика пневмококка (Streptococcus pneumoniae) в слюне

Анализ выявляет ДНК Streptococcus pneumoniae в слюне методом ПЦР. Результат выдаётся в формате обнаружено / не обнаружено. Исследование применяется в ограниченном круге клинических ситуаций, связанных преимущественно с изучением носительства пневмококка в верхних дыхательных путях. Слюна не относится к стандартным биоматериалам для диагностики пневмококковой инфекции и не входит в рекомендованные действующими руководящими документами подходы к лабораторному подтверждению пневмококковой пневмонии, бактериемии, менингита или других инвазивных форм заболевания. Для этих задач используются мокрота и посев крови, определение пневмококкового антигена в моче и плевральной жидкости, исследование ликвора при менингите. ПЦР слюны имеет принципиально иное назначение и интерпретируется с учётом её ограничений.

Streptococcus pneumoniae — грамположительный диплококк, заключённый в полисахаридную капсулу, известную более 90 серотипами. Капсула — основной фактор вирулентности, определяющий способность возбудителя противостоять фагоцитозу; именно она служит мишенью существующих пневмококковых конъюгированных и полисахаридных вакцин. Возбудитель колонизирует слизистую носоглотки человека и в большинстве случаев существует как комменсал, не вызывая заболевания. Носительство особенно распространено у детей раннего возраста: у дошкольников в зависимости от региона и сезона возбудителя обнаруживают у 60–80% обследуемых по культуральному исследованию и ещё чаще — при использовании молекулярных методов. У взрослых частота носительства ниже — около 5% при исследовании посевом мазков из носоглотки, — однако применение чувствительных молекулярных подходов и исследование орального материала показывают существенно более высокие цифры, особенно у взрослых, контактирующих с маленькими детьми. 
Пневмококковая инфекция развивается, когда возбудитель из носоглотки попадает в стерильные в норме локусы — лёгочную паренхиму, кровь, оболочки мозга, полость среднего уха, околоносовые пазухи, плевральную полость. Клинические формы варьируют от относительно лёгких (острый средний отит, синусит) до жизнеугрожающих (бактериемическая пневмония, менингит, сепсис, эмпиема плевры). S. pneumoniae остаётся одним из ведущих возбудителей внебольничной пневмонии у взрослых и детей и основной бактериальной причиной бактериального менингита у пожилых. Развитию инвазивной инфекции способствуют перенесённая вирусная респираторная инфекция, курение, хронические заболевания лёгких, сердечная недостаточность, сахарный диабет, аспления (функциональная и анатомическая), ВИЧ-инфекция, применение иммуносупрессивной терапии, возраст младше 2 и старше 65 лет. 
Важный клинический и лабораторный вопрос при исследовании орального материала — разграничение носительства и инфекции. Обнаружение ДНК S. pneumoniae в слюне само по себе не указывает на пневмококковое заболевание: у значительной части практически здоровых людей возбудитель присутствует в верхних дыхательных путях как компонент микрофлоры. Клиническая интерпретация требует строгого сопоставления с клинической картиной, результатами визуализирующих методов, данными обследования других биоматериалов. Молекулярная детекция пневмококка в слюне характеризует колонизацию верхних дыхательных путей, но не подменяет диагностику активной инфекции в стерильном локусе.

ПЦР выявляет специфические участки генома S. pneumoniae — чаще всего фрагмент гена lytA (основной пневмококковой аутолизин) или гена pneumolysin (ply). Методы, основанные на амплификации одной генной мишени, имеют известное ограничение: гены, считавшиеся специфичными для S. pneumoniae, встречаются и у близкородственных стрептококков группы mitis (S. mitis, S. oralis, S. pseudopneumoniae, S. infantis), обильно присутствующих в нормальной микрофлоре полости рта. Это снижает специфичность исследования именно в оральном материале, и для целей научных эпидемиологических исследований современные подходы рекомендуют двухмишенные молекулярные схемы (например, lytA в сочетании с piaB), которые в формате качественного одномишенного теста не реализуются.

Клиническое значение

Основная область применения молекулярного исследования слюны на S. pneumoniae — эпидемиологические и научные задачи, связанные с оценкой носительства пневмококка в популяции, в том числе в контексте мониторинга эффективности пневмококковой вакцинации и изучения циркулирующих серотипов. В клинической практике исследование может рассматриваться в отдельных нестандартных ситуациях, когда врачу требуется косвенная оценка присутствия пневмококка в верхних дыхательных путях пациента — например, при изучении микробиологического статуса у пациентов из закрытых коллективов, в рамках обследования контактных лиц при вспышечной ситуации или при научном клиническом наблюдении.

Исследование не заменяет стандартных подходов к диагностике пневмококковой инфекции. При клиническом подозрении на внебольничную пневмонию обследование строится на оценке клинической картины, рентгенологических данных, исследовании мокроты (окраска по Граму и посев), определении антигена S. pneumoniae в моче — неинвазивном и быстром методе, валидированном для взрослых при подтверждении пневмококковой этиологии пневмонии. При подозрении на бактериемию, сепсис, менингит показаны посев крови, исследование ликвора; при эмпиеме плевры — посев и определение пневмококкового антигена в плевральной жидкости. Ни один из этих подходов не предполагает исследование слюны как первичный материал.

Положительный результат ПЦР слюны у бессимптомного пациента в большинстве случаев отражает носительство и не требует лечения. Решение о необходимости какого-либо вмешательства принимается лечащим врачом исключительно с учётом клинической картины, возраста пациента, наличия факторов риска инвазивной инфекции и других лабораторных данных. Положительный результат у пациента с клинической картиной пневмококковой инфекции сам по себе не подтверждает этиологическую связь: ассоциация с конкретным заболеванием требует выделения возбудителя из стерильного локуса (кровь, ликвор, плевральная жидкость) или обнаружения пневмококкового антигена в клинически релевантном материале.

Отрицательный результат не исключает пневмококковую инфекцию. Возбудитель может вызывать заболевание нижних дыхательных путей, кровотока и мозговых оболочек без существенной концентрации в слюне на момент забора; чувствительность молекулярного метода при исследовании орального материала у взрослых, особенно не находящихся в тесном контакте с маленькими детьми, ограничена.

Ограничения

Метод ПЦР выявляет ДНК возбудителя и не говорит о его жизнеспособности. Специфичность исследования в оральном материале ограничена возможной перекрёстной детекцией близкородственных стрептококков группы mitis, несущих гомологичные генные последовательности, что может приводить к ложноположительным результатам. Отрицательный результат не исключает пневмококковую инфекцию в нижних дыхательных путях или в стерильных локусах: слюна отражает микрофлору ротовой полости и верхних дыхательных путей, а не состояние лёгких, крови или ликвора. Тест не определяет серотип возбудителя и его чувствительность к антибактериальным препаратам — оценка этих параметров требует отдельных исследований. Результат требует интерпретации врачом с учётом клинической картины, возраста пациента и данных обследования других биоматериалов.