ПЦР-диагностика пневмококка (Streptococcus pneumoniae) в мазках рото-носоглотки

Анализ выявляет ДНК Streptococcus pneumoniae в отделяемом со слизистой оболочки ротоглотки и носоглотки методом ПЦР. Результат выдаётся в формате обнаружено / не обнаружено. Исследование применяется при инфекциях верхних дыхательных путей и ЛОР-органов, в происхождении которых рассматривается пневмококк. Отделяемое ротоглотки и носоглотки отражает состояние верхних дыхательных путей — области, где пневмококк закрепляется на эпителии слизистых и откуда может распространяться в среднее ухо, околоносовые пазухи, нижние отделы дыхательного тракта, а при неблагоприятных условиях проникать в кровоток и центральную нервную систему.

Streptococcus pneumoniae — грамположительный ланцетовидный диплококк семейства Streptococcaceae. Ключевой фактор агрессивности возбудителя — полисахаридная капсула, защищающая от фагоцитоза и определяющая способность вызывать тяжёлые инвазивные инфекции. По строению капсулы выделяют свыше девяноста серотипов, существенно различающихся по распространённости и патогенному потенциалу. Именно против определённых серотипов, ответственных за основную часть тяжёлых форм, направлены современные пневмококковые вакцины — конъюгированные и полисахаридные, используемые у детей и у взрослых из групп риска. Внедрение массовой вакцинации изменило серотиповой пейзаж циркулирующих штаммов, но не отменило клинического значения пневмококка как ведущего возбудителя респираторных и инвазивных инфекций. 
Носительство пневмококка в носоглотке широко распространено, особенно у детей дошкольного возраста, посещающих организованные коллективы. Передача возбудителя происходит воздушно-капельным путём при тесном контакте; носительство чаще бессимптомно и у значительной части людей не приводит к развитию заболевания. Клиническая реализация зависит от состояния местных защитных механизмов, сопутствующих вирусных инфекций дыхательных путей, возраста и общего состояния пациента. Факт широко распространённого носительства имеет прямое значение для интерпретации молекулярных тестов из респираторных локусов: обнаружение пневмококка в носоглоточном материале отражает колонизацию, но само по себе не устанавливает этиологию конкретного заболевания. 
Клинический спектр пневмококковой инфекции широк и условно разделяется на неинвазивные и инвазивные формы. К неинвазивным относятся острый средний отит у детей — частое осложнение респираторных вирусных инфекций, — острый и рецидивирующий синусит, обострения хронического бронхита и хронической обструктивной болезни лёгких у взрослых, внебольничная пневмония, при которой пневмококк остаётся ведущим бактериальным возбудителем во всех возрастных группах. Инвазивные формы развиваются при проникновении возбудителя в стерильные в норме локусы и включают бактериемию, септицемию, бактериальный менингит, реже — эндокардит, перитонит, септический артрит. Тяжесть инвазивных форм и риск неблагоприятных исходов особенно высоки у детей раннего возраста, пожилых пациентов, лиц с хроническими заболеваниями и иммунокомпрометированных; у пациентов с функциональной или анатомической аспленией пневмококк занимает особое место как возбудитель молниеносных септических форм. 
Отдельная значимая проблема — растущая устойчивость пневмококка к антибактериальным препаратам. За последние десятилетия нарастает доля штаммов со сниженной чувствительностью к пенициллину, а также устойчивых к макролидам, тетрациклинам, триметоприму-сульфаметоксазолу; региональные различия существенны. Качественная ПЦР информации об устойчивости не даёт; оценка чувствительности возбудителя выполняется отдельными исследованиями.

ПЦР выявляет специфические участки генома S. pneumoniae — чаще всего фрагменты генов lytA (аутолизин) или ply (пневмолизин) — и обеспечивает прямое выявление возбудителя в респираторном материале. Метод сохраняет диагностическую ценность на фоне уже начатой антибактериальной терапии, снижающей результативность культурального исследования, и не зависит от жизнеспособности возбудителя. Одновременно ПЦР выявляет ДНК, а не активно размножающиеся бактерии: результат подтверждает присутствие генетического материала в пробе, но не характеризует активность инфекционного процесса и не разграничивает колонизацию и клинически значимую инфекцию.

Клиническое значение

Исследование применяется у пациентов с клинической картиной инфекций верхних дыхательных путей и ЛОР-органов, в происхождении которых рассматривается пневмококк: при остром среднем отите у детей, остром и рецидивирующем синусите, обострениях хронического бронхита и хронической обструктивной болезни лёгких. Уточнение этиологии имеет особое значение при затяжном или повторяющемся течении, при недостаточной эффективности стартовой антибактериальной терапии, а также у пациентов из групп риска — детей раннего возраста, пожилых, людей с хроническими заболеваниями дыхательной системы и сниженным иммунитетом. Обнаружение пневмококка в сочетании с соответствующей клинической картиной помогает включить его в число вероятных возбудителей при выборе эмпирической антибактериальной терапии.

Отдельная область применения — обследование при подозрении на инфекцию нижних дыхательных путей, прежде всего при внебольничной пневмонии. Пневмококк остаётся ведущим бактериальным возбудителем этого заболевания во всех возрастных группах, и его выявление у пациента с клинической и рентгенологической картиной пневмонии учитывается при выборе терапии. В таких ситуациях предпочтительным материалом для диагностики остаются образцы из нижних дыхательных путей — мокрота, бронхоальвеолярный лаваж, — а при тяжёлом течении инфекции — посев крови. Исследование отделяемого ротоглотки и носоглотки может дополнять клиническую оценку, особенно при невозможности качественного забора мокроты, но при этом находка должна интерпретироваться с поправкой на широко распространённое носительство пневмококка в верхних дыхательных путях.

Положительный результат подтверждает присутствие пневмококка в исследованном материале, но сам по себе не означает, что именно этот возбудитель вызвал заболевание: носительство в носоглотке распространено, особенно у детей. Значимость результата определяется совокупностью данных — характером и динамикой симптомов, данными осмотра, лабораторными и инструментальными исследованиями. Отрицательный результат снижает вероятность участия пневмококка в клинической картине, но не исключает её полностью: при инфекции нижних дыхательных путей или инвазивных формах более информативным будет исследование материала соответствующей локализации. Исследование наиболее полезно, когда выполняется по клиническим показаниям и рассматривается как часть комплексной оценки, а не как изолированный диагностический шаг.

Ограничения

Метод ПЦР выявляет ДНК возбудителя и не говорит о его жизнеспособности: положительный результат подтверждает присутствие генетического материала S. pneumoniae в исследованной пробе, но не разграничивает активную инфекцию и бессимптомное носительство, широко распространённое в носоглотке, особенно у детей дошкольного возраста. Качественный формат теста не даёт представления о количестве возбудителя в пробе, хотя этот параметр может иметь значение при трактовке находки. Отрицательный результат снижает вероятность участия пневмококка в клинической картине, но не исключает её полностью: при локализации инфекции в нижних дыхательных путях или в стерильных в норме локусах материал из ротоглотки и носоглотки может не содержать достаточного количества возбудителя, и более информативными будут исследование мокроты, бронхоальвеолярного лаважа, гемокультуры или исследование ликвора при соответствующих клинических показаниях. На чувствительность метода влияет предшествующая антибактериальная терапия, а также местное применение антисептиков в области ротоглотки. ПЦР не определяет чувствительность пневмококка к антибактериальным препаратам и не выявляет механизмы устойчивости; при необходимости оценки чувствительности выполняются отдельные исследования — культуральное с антибиотикограммой или молекулярное определение генов устойчивости. Тест не определяет серотип возбудителя, что может иметь значение в эпидемиологических обследованиях и при оценке эффективности вакцинопрофилактики. Результат исследования требует интерпретации врачом — терапевтом, педиатром, оториноларингологом, пульмонологом или инфекционистом — с учётом клинической картины, данных осмотра, результатов других лабораторных и инструментальных обследований, анамнеза проводимой терапии и эпидемиологического контекста.