ПЦР-диагностика пневмококка (Streptococcus pneumoniae) в крови

Исследование применяется как дополнительный метод диагностики инвазивной пневмококковой инфекции — состояния, при котором возбудитель из первичного очага в лёгких или носоглотке попадает в кровоток и распространяется в ткани и органы, в норме стерильные. К инвазивным формам относят бактериемию (присутствие возбудителя в крови), пневмококковый сепсис, тяжёлую пневмонию с бактериемией, менингит, эндокардит, септический артрит и перитонит. Обнаружение ДНК в крови согласуется с инвазивным характером процесса, но не заменяет посев крови: посев остаётся референсным методом подтверждения этиологии и единственным, который позволяет определить серотип возбудителя и его чувствительность к антибиотикам.

Streptococcus pneumoniae — грамположительный α-гемолитический диплококк из рода Streptococcus. Бактерия окружена полисахаридной капсулой — главным фактором её вирулентности и основой разделения на серотипы; известно более 90 серотипов с разным патогенным потенциалом и географией распространения. Пневмококк входит в нормальную микрофлору носоглотки (назофарингеальное носительство) у значительной части здоровых людей, особенно у детей. От бессимптомного носительства к болезни ведёт сочетание факторов: ослабление местного или общего иммунитета, вирусная инфекция верхних дыхательных путей, попадание возбудителя в обычно стерильные области тела. 
Пневмококк остаётся одним из ведущих возбудителей внебольничной пневмонии, острого среднего отита, синусита и бактериального менингита. Инвазивные формы развиваются прежде всего у детей младшего возраста, пожилых пациентов, а также при хронических заболеваниях лёгких, сердца, печени, при сахарном диабете, онкологических заболеваниях, после спленэктомии и при иммунодефицитах. Пневмококковый менингит и сепсис сопровождаются высокой летальностью даже при своевременном лечении, поэтому этиологию важно установить быстро. Задачу усложняет рост устойчивости отдельных штаммов к β-лактамам, макролидам и фторхинолонам — именно поэтому точная верификация возбудителя имеет прямое терапевтическое значение.

ПЦР выявляет специфические участки ДНК пневмококка (чаще всего — фрагменты гена lytA, кодирующего аутолизин) и обладает высокой аналитической специфичностью. В отличие от посева, метод сохраняет чувствительность на фоне уже начатой антибактериальной терапии, при низкой бактериальной нагрузке и когда получить материал для посева сложно. При этом ПЦР определяет ДНК, а не живые микроорганизмы: положительный результат говорит о присутствии генетического материала в кровотоке, но не показывает, насколько активен инфекционный процесс, и не заменяет оценку чувствительности к антибиотикам.

Клиническое значение

Исследование назначают при клинически обоснованном подозрении на инвазивную пневмококковую инфекцию вместе с посевом крови, мокроты, плевральной жидкости и ликвора. ПЦР крови может быть полезна при тяжёлой внебольничной пневмонии, при сепсисе неясной этиологии, у пациентов после спленэктомии с лихорадкой, а также при подозрении на пневмококковую бактериемию у иммунокомпрометированных больных. В педиатрической практике метод обсуждают при тяжёлой пневмонии с плевральным выпотом (парапневмоническим) у детей младшего возраста, у которых посев часто оказывается отрицательным.

Особое место исследование занимает при уже начатой антибактериальной терапии. Антибиотики быстро стерилизуют кровь, и чувствительность посева падает, а ДНК возбудителя сохраняется в кровотоке дольше. В такой ситуации ПЦР может дать этиологические данные, которых посев уже не даст, и помочь скорректировать терапию. Для рутинной диагностики внебольничной пневмонии ПЦР крови на пневмококк к основным методам не относится: действующие рекомендации не включают её в обязательный алгоритм обследования, а клиническую ценность оценивают осторожно.

При бактериальном менингите основа диагностики — исследование ликвора, включая посев и микроскопию с окрашиванием по Граму; ПЦР ликвора также входит в стандартные подходы. ПЦР крови здесь работает как дополнение, а не замена, и может быть полезна, когда люмбальная пункция отложена или противопоказана. При сепсисе с неустановленным первичным очагом обнаружение пневмококковой ДНК сужает круг возможных возбудителей и может повлиять на тактику эмпирической терапии, но окончательно этиологию подтверждает именно посев.

У пациентов с иммунодефицитом — при ВИЧ-инфекции, гематологических и онкологических заболеваниях, на фоне иммуносупрессивной терапии — риск инвазивных пневмококковых инфекций заметно выше, и молекулярная диагностика здесь востребована как часть комплексной оценки вместе с посевом.

Исследование не предназначено для выявления носительства пневмококка в верхних дыхательных путях: носительство в носоглотке широко распространено, лечения не требует и оценивается на назофарингеальном мазке. Для диагностики неинвазивных форм — отита, синусита, нетяжёлой пневмонии — ПЦР крови также не используют, поскольку в этих случаях возбудитель, как правило, в кровоток не попадает.

Ограничения

Метод ПЦР выявляет ДНК возбудителя и не говорит о его жизнеспособности: положительный результат подтверждает присутствие генетического материала пневмококка в крови, но сам по себе не доказывает активный инфекционный процесс и требует сопоставления с клинической картиной и данными посева. Отрицательный результат не исключает инвазивную пневмококковую инфекцию при обоснованном подозрении, особенно при низкой бактериальной нагрузке, в ранней фазе заболевания или при локализации возбудителя вне кровотока; у тяжёлых пациентов и у пациентов из групп риска отрицательная ПЦР — не повод отказываться от антибактериальной терапии. Исследование относится только к пробе крови и не заменяет анализа других биоматериалов — ликвора, мокроты, плевральной жидкости — при поражении соответствующих анатомических областей; при подозрении на пневмококковый менингит основой остаётся исследование ликвора. ПЦР не определяет серотип возбудителя и его чувствительность к антибиотикам; эти параметры устанавливают на выделенной культуре. Тест не предназначен для выявления носительства в верхних дыхательных путях и для диагностики неинвазивных форм инфекции. Результат требует интерпретации врачом с учётом клинической картины, данных других обследований, анамнеза и проводимой терапии.