Молекулярно-генетический анализ мутации BRAF V600E методом ПЦР в биопсийном и операционном материале

Мутация BRAF V600E представляет собой приобретённое генетическое изменение опухолевых клеток, которое поддерживает их рост и одновременно служит маркером чувствительности к определённым видам таргетной терапии. Исследование выполняется методом ПЦР и направлено на целевое выявление соматической мутации BRAF V600E c.1799T>A, p.Val600Glu в ДНК клеток биопсийного или операционного материала. Обнаружение мутации подтверждает наличие молекулярной мишени, которая учитывается при выборе таргетной терапии. Направление таргетного воздействия зависит от вида опухоли: при меланоме, немелкоклеточном раке лёгкого, анапластическом раке щитовидной железы, низкозлокачественной глиоме детского возраста и некоторых других солидных опухолях BRAF V600E используется для выбора сочетанной блокады BRAF и MEK. При метастатическом колоректальном раке результат определяет иной подход, основанный на одновременном воздействии на BRAF и EGFR. Исследование направлено только на мутацию BRAF V600E. Результат выдаётся в формате «обнаружено» или «не обнаружено». Варианты V600K, другие изменения кодона 600, мутации в остальных участках гена, делеции и перестройки данным анализом не определяются.
BRAF V600E в биопсийном или операционном материале характеризует генетические свойства исследованного новообразования. Для оценки наследственных вариантов используют отдельное исследование ДНК из неопухолевого материала.

Клиническое значение

При меланоме BRAF V600E определяет чувствительность опухоли к одновременному ингибированию BRAF и MEK. Такое воздействие используется при нерезектабельном или метастатическом процессе, а также в установленных клинических ситуациях после хирургического удаления опухоли. Анализ охватывает только V600E, поэтому для выявления других терапевтически значимых вариантов BRAF V600 требуется более широкое молекулярное исследование.
При метастатическом немелкоклеточном раке лёгкого мутация BRAF V600E выделяет опухоль в отдельную молекулярную группу, для которой применяется сочетанная блокада BRAF и MEK. Результат позволяет направить лечение на генетическое изменение, поддерживающее рост опухоли, и отличить этот вариант заболевания от опухолей с другими драйверными мутациями.
При местно-распространённом или метастатическом анапластическом раке щитовидной железы BRAF V600E служит маркером чувствительности к сочетанию ингибиторов BRAF и MEK. При низкозлокачественной глиоме детского возраста та же мутация определяет возможность направленного воздействия на BRAF и MEK у пациентов, которым требуется системное лечение. Этот принцип распространяется и на некоторые другие нерезектабельные или метастатические солидные опухоли с BRAF V600E, соответствующие показаниям для такой терапии.
При метастатическом колоректальном раке мутация определяет другой набор терапевтических мишеней. Блокирование одного BRAF не обеспечивает достаточного подавления роста опухоли, поскольку передача сигнала восстанавливается через EGFR. Поэтому BRAF V600E служит основанием для одновременного воздействия на BRAF и EGFR; в отдельных схемах к таргетной комбинации добавляют фторпиримидинсодержащую химиотерапию.
В колоректальном раке с утратой экспрессии MLH1 и PMS2 анализ выполняет дополнительную диагностическую функцию. Обнаружение BRAF V600E поддерживает спорадическое происхождение нарушения репарации ДНК, часто связанное с метилированием промотора MLH1, и снижает вероятность синдрома Линча. При отсутствии мутации оценку продолжают с учётом метилирования MLH1 и результатов наследственного исследования генов репарации ДНК.

Что влияет на результат

Выявление мутации зависит от содержания опухолевых клеток в выбранном участке материала. Примесь нормальной ткани, воспалительных клеток, фиброза и некротических масс уменьшает долю мутантной ДНК. При её снижении ниже чувствительности применяемого метода мутация может остаться невыявленной. Продолжительная или неудовлетворительная фиксация, выраженное разрушение ткани и кислотная декальцинация костного материала повреждают ДНК и сокращают количество фрагментов, пригодных для анализа. Для исследования требуется сохранный участок, содержащий достаточное количество опухолевых клеток.