Колонофлор 16 биоценоз: микробиоценоз толстого кишечника, 16 показателей методом ПЦР

Анализ выполняет количественную оценку микробиоценоза толстого кишечника по 22 микробиологическим показателям и одному расчётному индексу методом ПЦР. Биоматериал — кал. 
«Колонофлор-16 (биоценоз)» — версия линейки Колонофлор с расширенным охватом условно-патогенной и патогенной флоры. В отличие от версии «метаболизм», ориентированной на функциональные группы микробиоты, «биоценоз» построен вокруг классической оценки бактериального состава кишечника с прицельным выявлением условно-патогенных микроорганизмов, возбудителей кишечных инфекций и анаэробов, ассоциированных с патологическими процессами в толстой кишке.

Зачем оценивать микробиоту толстого кишечника

Микробиота толстого кишечника — сложное сообщество триллионов микроорганизмов, выполняющих в организме человека функции, без которых нормальная физиология невозможна.

• Метаболическая и трофическая функция. Бактерии расщепляют пищевые волокна с образованием короткоцепочечных жирных кислот (бутират, пропионат, ацетат), которые служат источником энергии для эпителия кишечника, поддерживают его обновление и обладают противовоспалительным действием.
• Синтетическая функция. Микробиота участвует в синтезе ряда витаминов (группы B, витамина K, фолиевой и никотиновой кислот), в метаболизме желчных кислот и холестерина.
• Иммуномодулирующая функция. В кишечнике сосредоточено около 70–80% иммунных клеток организма. Микробиота помогает иммунной системе различать патогены и безопасные антигены, поддерживает баланс между активацией и толерантностью.
• Барьерная функция. Полезные микроорганизмы конкурируют с условно-патогенной и патогенной флорой за питательные вещества и места прикрепления к слизистой, вырабатывают бактериоцины — природные антимикробные соединения, поддерживают плотные межклеточные контакты эпителия. Это создаёт колонизационную резистентность к экзогенным патогенам и предотвращает избыточный рост условно-патогенной флоры.

Дисбиоз — нарушение количественного и качественного состава микробиоты — сам по себе не является самостоятельным диагнозом, однако служит патофизиологической основой для ряда состояний желудочно-кишечного тракта, для метаболических и иммунных нарушений. Состав микробиоты подвержен значительной вариабельности и зависит от возраста, типа питания, приёма лекарств (особенно антибиотиков и ингибиторов протонной помпы), образа жизни, сопутствующих заболеваний.

Группы показателей теста

Общая бактериальная масса . Интегральный показатель суммарного количества бактерий в пробе. Используется как опорная величина для оценки нагруженности микрофлоры. Снижение наблюдается после массивной антибактериальной терапии, при очистке кишечника, при ряде патологических состояний; повышение возможно при избыточном бактериальном росте.

Защитная и иммуномодулирующая микрофлора. Bifidobacterium spp. и Lactobacillus spp. — две классические группы нормальной микрофлоры с защитными и иммуномодулирующими функциями. Бифидобактерии преобладают в толстом кишечнике у здоровых взрослых, поддерживают колонизационную резистентность, участвуют в синтезе витаминов и в иммунной регуляции. Лактобактерии вносят вклад в поддержание pH среды и в конкуренцию с условно-патогенной флорой. Снижение этих групп — частая находка при дисбиотических состояниях, после антибактериальной терапии, при нарушениях питания, у пожилых пациентов.

Базовые комменсалы и опорные группы микробиоты. Escherichia coli (общая) — представитель нормальной микрофлоры в умеренных количествах; превышение референтного диапазона может косвенно указывать на нарушения биоценоза. Bacteroides spp. — крупная группа доминантных комменсалов толстого кишечника. Faecalibacterium prausnitzii — ключевой продуцент масляной кислоты (бутирата), служащей основным энергетическим субстратом для колоноцитов; снижение F. prausnitzii ассоциировано с воспалительными заболеваниями кишечника, синдромом раздражённого кишечника, метаболическими нарушениями. Bacteroides thetaiotaomicron — представитель бактероидов, важный для деградации полисахаридов и взаимодействия с эпителием. Akkermansia muciniphila — бактерия слизистого барьера; её снижение описано при ожирении, сахарном диабете 2 типа, метаболическом синдроме.

Соотношение Bacteroides spp. / Faecalibacterium prausnitzii — расчётный индекс баланса между двумя крупными группами, отражающий тип микробного профиля. Референтные значения 0.01–100 — широкий диапазон, отражающий значительную индивидуальную вариабельность нормального состояния. Существенное превышение диапазона указывает на анаэробный дисбаланс.

Условно-патогенная флора. Enterococcus spp., Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca, Candida spp., Staphylococcus aureus, Proteus vulgaris/mirabilis, Citrobacter spp., Enterobacter spp . — группы, в обычных количествах входящие в состав нормального микробиоценоза или присутствующие на низких уровнях, но способные при значительном росте или ослаблении конкурентной защитной флоры участвовать в развитии патологических состояний. Превышение референтных диапазонов этих групп — характерный признак дисбиотических нарушений и может быть связан с диареей, антибиотик-ассоциированными состояниями, инфекционными осложнениями у иммунокомпрометированных пациентов.

Облигатные патогены и значимые анаэробы. Clostridium difficile — ведущий возбудитель антибиотик-ассоциированных колитов, включая псевдомембранозный колит. Его присутствие в кале — клинически значимая находка у пациентов с диареей на фоне или после антибактериальной терапии и у пациентов с другими факторами риска. Clostridium perfringens — анаэроб, ассоциированный с пищевыми токсикоинфекциями и в части случаев с диареей у пожилых и иммунокомпрометированных пациентов. Salmonella spp. и Shigella spp . — облигатные кишечные патогены, возбудители сальмонеллёза и шигеллёза; их обнаружение в кале — диагностическая находка с прямым клиническим значением. Escherichia coli enteropathogenic (EPEC) — патогенный вариант кишечной палочки, один из значимых возбудителей детских кишечных инфекций.

Анаэробы, ассоциированные с патологией кишечника. Fusobacterium nucleatum — анаэроб, в современных исследованиях устойчиво связываемый с колоректальным раком: повышенное его содержание описано в опухолевой ткани и в стуле пациентов с раком толстой кишки и аденомами с высоким риском. Parvimonas micra — анаэроб, в части исследований также ассоциированный с колоректальной патологией и с хроническими воспалительными процессами. Включение этих групп в тест отличает «биоценоз» от чисто описательных оценок микробиоты и даёт дополнительный материал для индивидуальной оценки пациента. При этом важно отметить, что обнаружение F. nucleatum или P. micra в кале не является диагностическим инструментом для скрининга или диагностики колоректального рака — оно служит маркером, к которому лечащему врачу стоит отнестись внимательно в контексте клинической картины и факторов риска, и при наличии клинических показаний рассмотреть направление пациента на скрининговые процедуры (колоноскопию).

Клиническое значение

При функциональных нарушениях желудочно-кишечного тракта — синдроме раздражённого кишечника, упорном метеоризме, изменениях характера стула без установленной органической причины — оценка биоценоза помогает выявить особенности микрофлоры, которые могут быть связаны с клиническими проявлениями: снижение защитной флоры, превышение условно-патогенных групп, дисбаланс крупных функциональных групп.

После антибактериальной терапии и других вмешательств, влияющих на микрофлору, тест помогает оценить состояние микробиоценоза, выявить избыточный рост условно-патогенной флоры, обнаружить C. difficile при подозрении на антибиотик-ассоциированный колит.

При диарее неустановленной этиологии тест может одновременно выявить патогенные группы (Salmonella, Shigella, EPEC, C. difficile) и охарактеризовать общее состояние биоценоза. При этом для прицельной диагностики острых кишечных инфекций существуют специализированные тесты с более широким охватом возбудителей; «биоценоз» не заменяет их, но даёт сочетание оценки биоценоза и выявления ключевых патогенов в одном исследовании.

При оценке эффективности пробиотической, пребиотической, диетической коррекции тест используется для контроля изменений в составе микрофлоры до и после вмешательства.

В индивидуальной оценке пациентов с факторами риска колоректальной патологии (семейный анамнез, возраст, сопутствующие заболевания) обнаружение F. nucleatum или P. micra в составе других находок служит дополнительным основанием для лечащего врача рассмотреть необходимость скрининговых процедур (колоноскопии). Тест не является скрининговым инструментом колоректального рака, но даёт материал для персонализированной оценки.

Интерпретация результата строится по нескольким направлениям. Сравнение каждого показателя с референтным диапазоном даёт картину того, какие группы находятся в норме, какие снижены, какие повышены. Превышения референтных диапазонов условно-патогенных групп оцениваются в совокупности как признак дисбиотических нарушений. Обнаружение облигатных патогенов (Salmonella, Shigella, EPEC, C. difficile) — клинически значимая находка с прямыми последствиями для тактики ведения. Соотношение Bacteroides / Faecalibacterium указывает на тип микробного профиля и баланс крупных групп. Результат используется лечащим врачом — гастроэнтерологом, инфекционистом, диетологом, терапевтом — как один из элементов комплексной оценки пациента.

Ограничения

Метод ПЦР выявляет ДНК микроорганизмов и не говорит об их жизнеспособности. Тест охватывает 22 микробиологических показателя и одно расчётное соотношение; полный состав микрофлоры толстого кишечника содержит сотни и тысячи видов, и обследование на эти группы даёт описательный, но не исчерпывающий профиль. Тест не является стандартным инструментом диагностики острых кишечных инфекций, для которой существуют специализированные ПЦР-исследования с более широким охватом возбудителей. Тест не является скрининговым инструментом колоректального рака; обнаружение F. nucleatum или P. micra служит маркером для индивидуальной оценки врачом, а не самостоятельным диагнозом или скрининговым результатом. Микробный профиль кишечника подвержен значительной индивидуальной и временной вариабельности; результат отражает состояние микробиоты на момент забора материала и может изменяться под влиянием диеты, антибактериальной терапии, других факторов. На результат влияет преаналитика: способ и время сбора материала, условия транспортировки, предшествующая антибактериальная терапия, очистка кишечника перед исследованиями, приём пробиотических препаратов непосредственно перед исследованием. Качественная и количественная интерпретация требует учёта клинической картины и не должна делаться по результату теста изолированно. Результат исследования требует интерпретации врачом — гастроэнтерологом, инфекционистом, диетологом, терапевтом — с учётом клинической картины, диеты, истории терапии, состояния пациента и общей ситуации.