Диагностика данного заболевания затруднительна, так как в бактериологическом исследовании Chlamydia pneumoniae очень трудно выявляется. Именно по этой причине одним из основных методов диагностики заболевания является определение серологических маркеров — антител, выработка которых происходит в ответ на инфицирование. Ранними маркерами заболевания является антитела IgA, определение которых является маркером как острой инфекции (при первичном инфицировании), так и реактивации хронической инфекции. Для подтверждения диагноза врачу требуется комплексный подход и динамическая оценка лабораторных показателей. Наличие в крови антител IgA к Chlamydia pneumoniae свидетельствует о текущем заболевании в острой форме, хроническом заболевании, реинфекции.