Бактериологическое исследование мокроты включает приготовление и бактериоскопию мазка мокроты и бактериологический посев для получения чистой культуры. Окраска мазка мокроты по Граму - наиболее распространенный метод окраски всех видов материала, полученного от больного с заболеванием нижних дыхательных путей (мокрота, бронхоальвеолярный смыв и др.), для быстрого и ориентировочного установления инфекционного агента. С помощью бактериоскопии мазка мокроты, окрашенного по Граму, проводят предварительную оценку возможного этиологического агента. Окрашенный по Граму мазок мокроты исследуют до посева ее на питательные среды также и с целью оценки пригодности для культивирования и идентификации вероятного возбудителя. Мокроту считают пригодной, если в мазке, окрашенном по Граму, при малом увеличении микроскопа обнаруживают более 25 лейкоцитов и менее 10 эпителиальных клеток в поле зрения. Признаками качественного образца мокроты, который можно использовать для культивирования, является преобладание в ней лейкоцитов над эпителиальными клетками, а также наличие бактерий одного вида, которые располагаются внутри лейкоцитов или вокруг них. Грамположительные бактерии в препарате имеют темно-синюю окраску, а грамотрицательные - розовую. Возбудители атипичных пневмоний (микоплазмы, легионеллы, риккетсии и хламидии) не окрашиваются по Граму, поэтому для их выявления в основном используются серологические методы. Посев мокроты производят на ряд питательных сред, которые инкубируют при 36-37 °С в течение 18-24 ч. Из выросших колоний выделяют чистую культуру, идентифицируют их и определяют чувствительность к антибактериальным препаратам. При получении чистой культуры спектр антибактериальных препаратов к которым определяется чувствительность зависит от выделенного вида микроорганизмов. Исследование подразумевает выделение аэробной и факультативно-анаэробной микрофлоры, не предусматривает выделение облигатных анаэробов, грибов, простейших, уреаплазм/микоплазм, а также прихотливых микроорганизмов, требующих особых условий культивирования (Neisseria meningitides, Neisseria gonorrhoeae, Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis, Corynebacterium diphtheriae).