Анализ химерного гена E2A/PBX1 - t(1;19) методом ПЦР

Это молекулярно-генетическое исследование выявляет в клетках крови или костного мозга особую перестройку — слияние двух генов с разных хромосом, первой и девятнадцатой. В норме ген E2A (в современной номенклатуре TCF3) на девятнадцатой хромосоме кодирует регуляторный белок, управляющий созреванием B-лимфоцитов. При обмене участками между хромосомами, который обозначают как транслокацию t(1;19), часть гена E2A соединяется с геном PBX1 с первой хромосомы. Так возникает химерный ген, то есть гибридная конструкция, которой в здоровом организме не существует; он кодирует аномальный белок, нарушающий созревание клеток-предшественников и запускающий их бесконтрольное размножение. Анализ выполняется методом полимеразной цепной реакции (ПЦР): он нацелен на участок, образующийся в самой точке слияния генов, то есть на последовательность, которой нет в здоровых клетках. Результат исследования качественный: он показывает, присутствует химерный ген в образце или нет. Такая перестройка лежит в основе одного из вариантов острого лимфобластного лейкоза — той его формы, что развивается из ранних предшественников B-лимфоцитов. Транслокация t(1;19) относится к наиболее частым при этом варианте лейкоза у детей, встречается она и у взрослых. Анализ обнаруживает сам факт присутствия химерного гена и позволяет отнести лейкоз к биологически обособленной группе, что важно при первичном уточнении его варианта. Результат оценивает врач-гематолог в комплексе с морфологией клеток, иммунофенотипом и другими данными обследования.

Клиническое значение

Обнаружение химерного гена подтверждает, что в основе лейкоза лежит транслокация t(1;19), и позволяет отнести заболевание к биологически обособленной группе с собственными закономерностями течения. В норме ген E2A управляет созреванием B-лимфоцитов, а ген PBX1 относится к регуляторам работы других генов. При слиянии образуется белок, в котором соединяются активирующая часть E2A и связывающая ДНК часть PBX1. В основе болезни лежит именно это сочетание: химерный белок неправильно включает гены-мишени, из-за чего ранние B-клетки теряют способность созревать и накапливаются в незрелом состоянии, давая начало лейкозу.

Определение этой перестройки помогает точно охарактеризовать вариант заболевания. Лейкоз с транслокацией t(1;19) обладает рядом устойчивых биологических и клинических признаков, по которым его выделяют в отдельную группу, поэтому обнаружение химерного гена дополняет оценку клеток крови под микроскопом, иммунофенотипирование и другие генетические исследования. Сама транслокация встречается в двух молекулярных формах: чаще в несбалансированной, при которой утрачивается часть одной из изменённых хромосом, и реже в сбалансированной, при которой обмен участками происходит без потери генетического материала. Обе формы приводят к образованию одного и того же химерного гена, и точное отнесение лейкоза к этому варианту имеет значение, поскольку именно генетическая основа болезни во многом определяет её течение и подход к лечению.

Выявление перестройки влияет и на оценку прогноза, однако его трактовка изменилась со временем. Ранее транслокацию t(1;19) относили к признакам неблагоприятного течения, но с переходом на современные интенсивные программы лечения результаты при этом варианте существенно улучшились. У детей лейкоз с этой перестройкой на современных протоколах часто имеет благоприятные или промежуточные исходы, хотя для него описан повышенный риск поражения центральной нервной системы. У взрослых прогностическое значение перестройки оценивают в контексте возраста, ответа на терапию, минимальной остаточной болезни (MRD) и других факторов риска, поэтому сам факт её выявления не трактуют изолированно. Поэтому обнаружение химерного гена не приговор, а уточнение биологии болезни, помогающее врачу выстроить тактику.

Выявление перестройки при первичной диагностике задаёт точку отсчёта для последующего наблюдения. Поскольку химерный ген присутствует только в опухолевых клетках и отсутствует в здоровых тканях, он служит индивидуальным молекулярным признаком болезни у конкретного пациента, по которому в ходе лечения можно проверять, сохраняется ли перестройка. Важно понимать границы качественного теста: он показывает наличие или отсутствие перестройки, но сам по себе не равнозначен полноценной оценке минимальной остаточной болезни. Для измеримой остаточной болезни применяют специально валидированные методы с заданной чувствительностью — проточную цитометрию, количественную ПЦР по специфическим мишеням, секвенирование нового поколения (NGS) и другие подходы; выбор метода и сроки контроля определяет врач-гематолог.

Что влияет на результат анализа

Достоверность результата зависит прежде всего от качества исследуемого образца: для анализа необходимо достаточное количество сохранных клеток крови или костного мозга, поэтому правильный забор материала, своевременная доставка и условия хранения напрямую влияют на возможность выделить пригодный генетический материал. При первичной диагностике материал берут до начала противоопухолевой терапии, так как лечение уменьшает количество опухолевых клеток и может затруднить выявление перестройки. Фаза болезни, в которую проводится исследование, меняет трактовку результата: при первичной диагностике опухолевых клеток много и перестройка выявляется уверенно, тогда как на фоне лечения качественный тест отражает лишь сам факт присутствия или отсутствия сигнала. На точность отнесения к конкретному варианту перестройки влияет и то, в какой именно точке произошли разрыв и слияние генов, поскольку существует несколько вариантов соединения участков. Все результаты сопоставляют с клинической картиной и данными других исследований опухолевых клеток для целостной оценки болезни.