Хронический миелолейкоз (ХМЛ) и часть острых лимфобластных лейкозов (ОЛЛ) ассоциированы с приобретённой генетической аномалией — филадельфийской (Ph) хромосомой, которая формируется в  результате транслокации t(9;22)(q34;q11). Эта транслокация приводит к образованию химерного гена BCR/ABL, кодирующего тирозинкиназу с аномальной активностью, что  обеспечивающет патологическую пролиферацию гемопоэтических клеток.
В норме Ген ABL1 локализуется на 9-й хромосоме, кодирует цитоплазматическую тирозинкиназу. Ген BCR расположен на 22-й хромосоме, участвует в сигнальной передаче и регуляции GTP-аз. При транслокации фрагмент ABL1 перемещается в ген BCR, формируя активный химерный ген BCR/ABL1, транскрипция и трансляция которого приводит к образованию онкогенного тирозинкиназного белка — драйвера лейкозогенеза.

 Типы транскриптов BCR/ABL1

Варианты транскриптов зависят от точек разрыва и сплайсинга в зонах BCR и ABL1. Наиболее клинически значимыми являются следующие формы:
    e13a2 (b2a2) и e14a2 (b3a2) → кодируют белок p210
Типично для ХМЛ; клинически не различаются по прогнозу, e14a2 может ассоциироваться с более высоким уровнем лейкоцитов.
   e1a2 → кодирует меньший белок p190
Встречается при остром лимфобластном лейкозе и редких случаях ХМЛ, более агрессивный вариант, чаще ассоциирован с лимфоидными опухолями., особенно у детей.
   e19a2 → кодирует белок p230
Редкий вариант; описан при хроническом нейтрофильном лейкозе.

Понимание типа транскрипта важно не только для диагностики, но и для оценки чувствительности к терапии и прогнозирования ответа на ингибиторы тирозинкиназы.

Принцип исследования основан на выделении тотальной РНК из периферической крови или костного мозга. После этого проводится обратная транскрипция, в ходе которой РНК превращается в кДНК. Затем специфическими праймерами амплифицируются участки химерной последовательности BCR/ABL. В зависимости от метода ПЦР анализ бывает:
   Качественным — определяет наличие транскрипта.
   Количественным (Real-Time PCR) — определяет уровень экспрессии.

Выявление определённого транскрипта при качественно ПЦР позволяет подтвердить диагноз ХМЛ (при обнаружении p210), заподозрить острый лимфобластный лейкоз (при наличии p190), исключить Ph-хромосому (при отрицательном результате), учитывая чувствительность метода.

Количественная ПЦР (Real-Time) используется для мониторинга остаточной болезни и оценки эффективности терапии. Результаты выражаются в % по международной шкале (IS):
 ≤ 0,1% IS — мажорный молекулярный ответ (MMR)
 ≤ 0,01% IS — глубокий молекулярный ответ (MR^4)
 ≤ 0,0032% IS — полный молекулярный ответ (MR^4.5)

Рост уровня транскрипта на фоне лечения требует оценки мутационного статуса ABL1 и пересмотра терапии.